Das alte Wisaha (= weißes oder helles Wasser), benannt nach dem Bach Weisach, gegründet vermutlich Mitte oder erste Hälfte des 8. Jahrhunderts, gewann überörtliche Bedeutung durch den Sitz einer dem heiligen Kilian geweihten Missions- oder Urpfarrei, die möglicherweise unter dem Würzburger Bischof Arn (855-892) eingerichtet wurde. Darauf bezieht sich auch das Ortswappen, das den heiligen Kilian zeigt. Erstmals urkundlich erscheint der Ort 1232, als Ebern von der Mutterkirche abgetrennt und der Riesensprengel zwischen Ermershausen und Rentweinsdorf, Burgpreppach und Kaltenbrunn etwa halbiert wurde. 1422 verlegte man dann den Sitz des Pfarrrektors in die Stadt Ebern, während Pfarrweisach nur einen Stellvertreter (Vizepleban) behielt. Durch die Jahrhunderte bis zum Ende des Alten Reiches blieb Pfarrweisach ein hochstiftisch- Würzburgisches Dorf, dem Amt Ebern zugehörig, in dem aber auch die Stein von Altenstein Untertanen hatten. So die Obere Wirtschaft (Lohrerstr. 2) und die Dorfschmiede (Hauptstr. 22).

Im Bauernkrieg werden vermutlich die Pfarrweisacher nicht untätig abseits gestanden haben, zumal wir von der Existenz eines "Weisachhaufens" wissen. Der Dreißigjährige Krieg, vor allem die Schwedenzeit, nahm das Dorf - wie die ganze Gemeinde - furchtbar mit; so waren 1642 bei 19 von 32 Würzburgischen Anwesen die Bauern tot oder geflohen, weitere Höfe nur von Frauen oder Kindern bewohnt.

Der Ort kam 1803 - und nach dem Zwischenspiel des Großherzogtums Würzburg seit 1806 - 1814, erneut und endgültig zu Bayern und dem bayerischen Landgericht Ebern.

Das Jahr 1896 brachte die Fertigstellung der Eisenbahn von Ebern bis Maroldsweisach. Nach dem traurigen Aderlass der beiden Weltkriege modernisierte sich das Dorf seit den 50er Jahren durch Straßenbau, Wasserleitung, Kanalisation, Flurbereinigung, Entstehung der Siedlungen und anderes mehr. 1978 entstand durch die Gebietsreform die heutige Gemeinde Pfarrweisach mit den Ortsteilen Pfarrweisach, Dürrnhof, Herbelsdorf, Junkersdorf a. d. Weisach, Kraisdorf, Lichtenstein, Lohr a. B., Rabelsdorf und Römmelsdorf.